Es gibt natürlich auch Nachteile eines Patentpools, und zwar solche für die betreffende Ökonomie und solche für das am Patentpool teilnehmenden Unternehmens.
Patentdickicht: Die Patentportfolios von Patentpools neigen dazu, zu einer immensen Größe anzuschwellen, was bewusst durch die Hinzunahme auch von weniger essentiellen Patenten, deren Rechtsbetsändigkeit und Bedeutung zweifelhaft ist, angestrebt wird. Durch das Patentdickicht wird es für externe Unternehmen extrem schwierig, eine Bewertung der Patente des Patentpools vorzunehmen.
Wettbewerbsverzerrung: Die Unternehmen eines Patentpools neigen dazu, sich abzuschotten und den Eintritt neuer Wettbewerber in den relevanten Markt abzuwehren.